تستخدم الفسيلة الجذرية للتحكم في حجم شجرة التفاح منذ ألفي عام.و ربما تم اكتشاف الفسيلة الجذرية المقزمة بالصدفة في آسيا.أرسل الاسكندر الأكبر عينات من أشجار التفاح القزمية إلى أستاذه أرسطو في اليونان. وتم الحفاظ على هذه الأشجار في الليكيام، ومركز تعليمي في اليونان.
أحدث فسائل التفاح الجذرية تمت تربيتها في القرن العشرين.و بدأت أبحاث كثيرة في الفسائل الجذرية الحديثة في إحدى مراكز الأبحاث في كينت في إنكلترا.في أعقاب تلك البحوث عمل ذلك المركز مع معهد جون اينيس ولونغ اشتون لإنتاج سلسلة من الفسائل الجذرية المختلفة الأقدر على مقاومة الأمراض، وبمختلف الأحجام، والتي استخدمت بعد ذلك في جميع أنحاء العالم.