الأشجار عرضة لعدد من الآفات الفطرية والبكتيرية ووالحشرات من أهمها حفار ساق التفاح. وتتبع العديد من البساتين التجارية برنامجا طموحا لاستخدام الرشاشات الكيماوية للحفاظ على جودة الثمار وصحة الأشجار والعوائد العالية. وهناك اتجاه في إدارة البساتين لاستخدام الأساليب العضوية. وتستخدم هذه الأساليب وسائل أقل عدوانية ومباشرة من الزراعة التقليدية. فبدلا من رش المواد الكيميائية القوية، والتي ظهر أنها غالبا ما تنطوي على خطر للشجرة على المدى الطويل، فإن الأساليب العضوية تشمل تشجيع أو تثبيط بعض الدورات والآفات. للسيطرة على آفة معينة، يستطيع المزارع العضوي أن يشجع ازدهار المفترس الطبيعي للآفة بدلا من قتل الآفة مباشرة، والذي يقتل معها الكيمياء الحيوية الطبيعية حول الشجرة. لدى التفاح العضوي عموما نفس الذوق أو حتى ذوقا أفضل من التفاح التقليدي، ولكن ذلك مع خفض المظاهر التجميلية.[27]
هناك طائفة واسعة من الآفات والأمراض التي يمكن أن تؤثر على النباتات؛ ثلاثة من الأمراض الأكثر شيوعا هي العفن الفطري، والمن وجرب التفاح.
العفن : والذي يتميز بوجود بقع مساحيق رمادية اللون على الأوراق والبراعم والازهار، وعادة في فصل الربيع. سيتحول لون الأزهار إلى اللون الأصفر ولن تتطور بشكل صحيح. يمكن أن يعالج هذا بطريقة لا تختلف عن معالجة البوتريتيس؛ القضاء على الظروف التي تسبب هذا المرض في المقام الأول وحرق النباتات المصابة هي من بين الإجراءات الموصى باتخاذها.[28][28]
تغذية المن
المن : هناك خمسة أنواع من المن يتم العثور عليها على التفاح: من الحبوب، من الوردي، من التفاح، المن الحلزوني، ومن التفاح الوولي. يمكن التعرف على أنواع المن من لونها، والوقت من السنة الذي تتواجد فيه، والاختلافات في قرونها، والتي هي نتوءات صغيرة من الجزء الخلفي من جسدها.[28] يتغذى المن على أوراق الشجر باستخدام فم شبيه بالإبرة لمص العصائر النباتية. عندما تكون موجودة بأعداد كبيرة، قد تؤدي أنواع معينة منها إلى تقليل نمو الأشجار وعنفوانها.[29]
جرب التفاح: أعراض الجرب هي وجود بقع خضراء أو بنية على الأوراق.[30] والتي تتحول إلى اللون البني بمرور الوقت.ثم تظهر النقاط البنية على الفاكهة نفسها (انظر إلى صورة التفاح على اليسار).[28] سوف يسقط الورق المريض مبكرا وستزيد البقع على التفاح—في نهاية المطاف. بالرغم من وجود المواد الكيميائية لمعالجة الجرب، فلا يمكن التشجيع على استخدامها لأنها في كثير من الأحيان تصل إلى النبات بأكمله، وهو ما يعني أن الشجرة تمتص المواد الكيميائية، التي تنتشر في جميع الفاكهة أيضا.[30]
من بين المشاكل الأكثر خطورة المرض فايربلايت، وهو مرض جرثومي؛ وصدأ ونقطة ال"Gymnosporium"السوداء، والاثنين من الأمراض الفطرية.[29]
أشجار التفاح الصغيرة هي أيضا عرضة لآفات الفئران والثدييات مثل الغزلان، والتي تتغذى على لحاء الأشجار اللينة، وخاصة في فصل الشتاء.